Khoảng 9 năm tuổi, cá ngừ vây xanh phương nam thuần thục về mặt giới tính. Chúng sinh sản vào giữa tháng chín và tháng 4 năm sau và thường hướng về Ấn độ dương để đẻ trứng ở vùng nước ôn đới gần đảo Java,Indonesia. Thông thường cá ngừ đẻ trong nước có nhiệt độ 20 – 30 độ C. Một lần, cá cái có thể đẻ hàng triệu trứng. Trứng chỉ cần một ít ngày thì nở, trở thành một chú cá ngừ con dài chỉ 2,5 cm. Cá ngừ con trải qua thời gian 5 năm ở gần bờ biển nước Úc trước khi chuyển ra vùng nước sâu hơn nơi chúng có nhiều lựa chọn về thức ăn. Cá ngừ vây xanh phương nam có thể sống gần 40 năm